جمهوری اسلامی ایران یک جمهوری دین سالار با نظام سیاسی شیعه متکی بر ولایت فقیه می باشد. روحانیت شیعه، قابل توجه ترین آنها “فقیه عالی” ( یا مقام معظم رهبری)، و رهبران سیاسی که توسط فقیه عالی تایید صلاحیت شده اند بر ساختارهای اصلی قدرت تسلط داشتند. درحالیکه مکانیزم هایی برای انتخابات عمومی درون ساختار حکومت وجود داشته، رهبر نفوذ عمده ای بر قوای مقننه و مجریه دولت داشته ( از طریق شوراهای غیرمنتخب تحت اختیارش ) و بر قوه قضاییه، رسانه های دولتی و نیروهای مسلح اختیار قانونی داشت. رهبر همچنین بطور غیرمستقیم بر نیروهای امنیتی داخلی و سایر نهادهای کلیدی کنترل داشت. آیت الله علی خامنه ای از سال ۱۹۸۹ رهبر ایران بوده است. رای دهندگان در سال ۲۰۱۳ حسن روحانی را بعنوان رییس جمهور انتخاب کردند. علیرغم شرکت عمده مردم (در انتخابات) در پی مناظره های علنی، تایید صلاحیت نامزدها توسط گروههای غیرمنتخب و اجرای محدودیت ها بر رسانه ها آزادی و عدالت انتخابات را محدود کرد. در آخرین انتخابات مجلس نمایندگان در سال ۲۰۱۲ حکومت تایید صلاحیت ها و پوشش رسانه ها را کنترل کرد. مسئولین غیرنظامی بر نیروهای امنیتی کنترل موثر داشتند.
مهمترین مشکلات حقوق بشر محدودیت های شدید بر آزادیهای مدنی، از جمله آزادی تجمعات، تشکل، بیان (از جمله از طریق اینترنت)، ادیان، و مطبوعات؛ محدودیت ها بر قدرت شهروندان در انتخاب مسالمت آمیز حکومت از طریق انتخابات آزاد و منصفانه؛ و تخلفات در دادرسی ها به همراه استفاده روزافزون از مجازات اعدام برای جرمهایی که در آستانه شدیدترین جرمها قرار نمی گیرند یا توسط مجرمان نوجوان انجام شده اند.
دیگر مشکلات گزارش شده حقوق بشر عبارت بود از: بی‌توجهی به شأن جسمی افرادی که مقامات به طور خودسرانه و غیر قانونی بازداشت کرده اند، شکنجه کرده اند یا کشته اند؛ ناپدید شدن ها، برخورد یا مجازاتهای ظالمانه، غیر انسانی یا تحقیر آمیز، از جمله روشهای مردود از منظر قضایی مانند قطع عضو و شلّاق، خشونت و سرکوبی سیاسی، شرایط سخت و خطرناک درمراکز بازداشت و زندانها، با نمونه‌های مرگ در زمان بازداشت، دستگیری‌ها و بازداشت‌های خودسرانه طولانی قبل از دادرسی، گاه بدون امکان ملاقات یا خبر دهی ، ادامه مصونیت نیروهای امنیتی (از مجازات)، محرومیت از دادرسی عادلانه عمومی، که گاه منجر به اعدامهای بدون دادرسی عادلانه می‌‌شوند، فقدان سیستم قضایی مستقل، زندانیان و بازداشتی‌های سیاسی، اجرای بی اثر رویه‌های مدنی و جزا‌های مدنی، مداخله خودسرانه در امور خصوصی، خانواده، خانه، و مکاتبات، آزار و بازداشت روزنامه نگاران، سانسور و محدودیت محتوای رسانه ها، محدودیت‌های جدی بر آزادیهای دانشگاهی، محدودیت جا به جایی، فساد رسمی و نبود شفافیت دولتی، محدودیت‌ها روی تحقیقات بین المللی و نهادهای مردمی در مورد اتهامات در مورد موارد نقض حقوق بشر، تبعیض و خشونت قانونی و اجتماعی علیه زنان، اقلیتهای قومی و مذهبی، افراد همجنسگرا، دوجنسگرا، تراجنسیتی‌ها و بیناجنسیتی بر اساس برداشت از جنسیت و هویت جنسی آنها، تشویق به یهود ستیزی، قاچاق انسان و محدودیت‌های عمده بر حقوق کارگری.
حکومت گامهای معدودی برای تحقیق، تعقیب، مجازات یا مسول نگاه داشتن مقاماتی که تخلف کرده اند، برداشته است؛ چه در بخش امنیتی چه دربخشهای دیگر حکومت. مصونیت (از مجازات) در همه طبقات دولتی و امنیتی به طور فراگیری باقی مانده است.
